生信分析、生物計算，由于涉及領域廣，計算方式復雜，常用的分析軟件和計算工具也是數目龐雜，可以說是使用偏好因學科而異、因人而異。下面生信分析領域的網友總結的常用軟件供大家參考。

一、PPT模板與軟件：

ScienceSlides ：

ScienceSlides 生物信息繪制軟件 ，是一種PPT插件，可方便的畫出各種細胞器化學結構，用來論文畫圖確實很好用。特別是用這個和AI（illustrator）結合，畫的圖可以媲美老外的CNS哦。

二、代謝與信號分析軟件：

CellNetAnalyzer：

CellNetAnalyzer，是一種細胞網絡分析工具，前身是FluxAnalyzer，是基于MatLab的代謝網絡和信號傳導網絡分析模塊，。這是一個典型的代謝流分析工具，可以進行代謝流的計算、預測、目標函數的優化，端途徑分析、元素模式分析，以及代謝流之間的對比等。可以基本滿足研究一個中型代謝網絡的結構尤其是計算流分配的要求，大部分論文中的代謝網絡分析都是或明或暗的用這個分析的。

三、兩維/三維構圖軟件：

1.DeepViewer _4.10_PC

DeepViewer 蛋白質分析構圖軟件，曾經也叫做Swiss-PdbViewer，是一個可以同時分析幾個蛋白的應用程序。為了結構比對并且比較活性位點或者任何別的相關部分，蛋白質被分成幾個層次。氨基酸突變，氫鍵，原子間的角和距離在直觀的圖示和菜單界面上很容易獲得。

2.pymol-0_99rc6-bin-win32

PyMOL是一個開放源碼，由使用者贊助的分子三維結構顯示軟件。PyMOL適用于創作高品質的小分子或是生物大分子（特別是蛋白質）的三維結構圖像。PyMOL的源代碼目前仍可以免費下載，供使用者編譯。對于Linux、Unix以及Mac OS X等操作系統，非付費用戶可以通過自行編譯源代碼來獲得PyMOL執行程式；而對于Windows的使用者，如果不安裝第三方軟件，則無法編譯源代碼。

四、分子生物學軟件

1.DNASTAR_Lasergene.v7.1

LaserGene是美國DNAStar公司發行的綜合性序列工具軟件，可用于發現和注釋DNA序列中的基因，并操作所關注的DNA的其他feature。現階段版本的LaserGene包括EditSeq、 MapDraw、SeqMan、GeneQuest、PrimerSelect、Megalign、Protean應用程序，具有序列的編輯、轉換、開放閱讀框的查找、引物設計、酶切作圖、序列比較等功能，其功能幾乎囊括了分子生物學領域大多數內容。

2.modfitLT-BD周期分析軟件

ModFitLT是由美國VeritySoftwareHouse公司設計，是用于流式細胞術中進行細胞周期分析的軟件。它通過對DNA含量直方圖進行曲線擬合，能快速計算出分析細胞周期各時相細胞的含量、G1/S/G2+M細胞的百分比，并測量腫瘤細胞的DNA指數(DNAIndex)、及析凋亡細胞亞二倍體所占的比例，實為研究凋亡細胞生物與藥理小伙伴的一大利器。

3. odyssey western blot

Li-cor公司推出的Odyssey紅外激光雙色圖像分析系統配套軟件。是掃完Western后在自己電腦上分析的必備軟件（反正浙大醫學院公共平臺是用的這個）。

4. 漢化版DNAMAN6.0-Raindy

DNAMAN 是一種常用的核酸序列分析軟件，功能強大，使用方便。可以不同形式顯示序列，進行DNA 序列的限制性酶切位點分析、DNA 序列比對分析（Dot Matrix Comparision）、序列同源性分析（兩序列同源性分析、多序列同源性分析）等。

5.BioEdit7.0.9.0

BioEdit是一個功能齊全的分子生物學應用軟件，可以完成核苷酸序列和蛋白質序列進行所有常規的分析操作，如：序列比對、序列檢索、引物設計、系統發育分析等。與DNAMAN 相比，其分析內容相對更豐富一些，而且提供了很多網絡程序的分析界面和接口。

6.chromas（基因測序峰圖查看軟件）

chromas是一款非常好用的專業基因測序列查看軟件，如果在從事科研的過程中需要測序列和查看彩圖可以使用這款工具，同時還擁有打開ABI格式的功能。

7.flowjo流式細胞分析軟件破解版

Flowjo是一款優秀的流式細胞分析專業軟件，可以兼容幾乎所有流式儀器采集的數據，可以彌補其它機器自帶軟件的分析功能不足的缺憾，滿足用戶的數據分析要求，這也是FlowJo備受歡迎及推崇的原因。

8.SSRHunter 1.3（微衛星DNA位點查找軟件）

又稱微衛星DNA位點查找軟件，是利用生物信息學方法在一個相對狹小的基因組區段內開發新的SSR標記的一個工具。SSRHunter軟件能夠搜索潛在的SSR位點，完成較為出色。此外，SSRHunter還提供了自動序列預處理、常規的序列整理和序列變換功能、以及方便的結果輸出方式。

9.Vector NTI 11.5.1 破解版

Vector NTI Suite是一套功能強大、界面美觀而又友好的分子生物學應用軟件包。它主要包括四個組件，分別對DNA、RNA和蛋白質進行各種分析和操作。主要支持以下幾種分析：對分子序列的操作、常規操作、常規分析、圖形操作。

五、流程圖繪制軟件：

1.SmartDraw

一款能夠輕松制作組織機構圖、流程圖、地圖、房間布局圖、數學公式、統計表、化學分析圖表、解剖圖表、界面原型等等。自帶的圖庫里包含數百個示例、數千個符號和外形可以直接套用，官網中下載更多的符號和外形。他簡單的操作界面使使用者只需選擇模板并更換原件就能完成制圖，而不用從白紙起步畫。

2.ConceptDraw

是一個強大的跨平臺應用程序，他提供了強大的矢量繪圖工具、庫以及許多的預置的圖例形狀，內置描述語言、支持多種格式文檔的輸入輸出、支持連接ODBC數據庫和其它許多的功能。它支持GIF、JPEG、PICT、EPS、Windows bmp 以及多媒體文件。與他一些列的還有思維導圖繪制軟件ConceptDraw MINDMAP以及項目管理軟件ConceptDraw PROJECT，可以互補使用。

六、凝膠分析軟件：

1.Gel-pro analyzer

是一塊功能強大的凝膠分析軟件，它的功能包括泳道分析， DNA分析，分子量計算，條帶分析，Dot-blot電泳分析，菌落計數-培養皿計數，測量面積/密度，實驗報告輸出，宏的功能與應用。

2.QuantiScan

使用簡單，功能專一的凝膠掃描、分析軟件。可以分析，掃描多種多樣的材料成分，分析凝膠，污點和薄層層析板等。 它以極小的成本達到類似于精密顯像密度計的功能。它分析的對象不僅包括BMP.JPG圖片，還包括沒有解壓的TIF文件等，可以對幾乎所有圖片進行多種預處理。

3.Quantity One

一款來自Bio-Rad的1D凝膠定量軟件，是The Discovery Series 軟件家族的成員，可以在Bio-Rad官網下載到非破解版。它可成像和分析一維電泳凝膠、斑點印跡、狹線 印跡和菌落計數。Quantity One 軟件能定量和分析多種數據，包括從光密 度儀、儲能磷屏成像儀、熒光成像儀和凝膠成像系統采集的放射性、化學 發光、熒光和染色等樣品。它提供自動分析功能以快速獲取高質量結果。

4.PDQuest

另一款來自Bio-Rad的軟件，是2D凝膠定量軟件，也可以在Bio-Rad官網下載到非破解版。它的分析方式主要有4種：泳道/條帶軌跡定量法；等高線直接定量法；菌落計數；分子量測定

5.ImageLab

一套圖像處理軟件，也是來自Bio-Rad的軟件，全名叫做Image Laboratory。該軟件包括文件打開，保存，顯示，打印，復制，粘貼，鏡像，旋轉，反色等常用功能之外，特別提供一系列圖像處理功能，如圖像的平滑、銳化、中值濾波、灰度拉伸、亮度變換、直方圖均衡、顏色調整、二值化、邊沿提取等。采用多文檔界面，可以同時打開顯示多個圖像進行大量處理。

6.BandScan

一款通用的電泳膠條帶定量分析軟件。可以手動、自動找到條帶，手動的條帶可以是無規則的，可以清除背景。可以進行分子量、百分比、質量、波峰等方面的定量分析。可以直接使用掃描儀。可以將數據輸出到excel文件。是一個很常用的凝膠圖像分析軟件，用它分析蛋白表達量。功能包括凝膠圖像分析、光密度掃描、分子量計算、自動查找條帶、雜點去除、電泳遷移校正功能。它是一款非常好用的圖像處理類生物軟件。

七、數學統計軟件

1.SPSS

世界上最早采用圖形菜單驅動界面的統計軟件，它最突出的特點就是操作界面極為友好，輸出結果美觀漂亮。它將幾乎所有的功能都以統一、規范的界面展現出來，使用Windows的窗口方式展示各種管理和分析數據方法的功能，對話框展示出各種功能選擇項。用戶只要掌握一定的Windows操作技能，精通統計分析原理，就可以使用該軟件為特定的科研工作服務。SPSS采用類似EXCEL表格的方式輸入與管理數據，數據接口較為通用，能方便的從其他數據庫中讀入數據。其統計過程包括了常用的、較為成熟的統計過程，完全可以滿足非統計專業人士的工作需要。

2.origin8.0

一款專業的制圖軟件與數據分析軟件，由OriginLab公司制作發布的。origin8.0能夠滿足一般用戶的制圖需求，而且還能支持高級用戶的數據分析與函數擬合。這款軟件適用于研究人員、工程師、科學人員，它具有簡單易學、操作靈活、功能強大的特點。使用Origin就像使用Excel和Word那樣簡單，只需點擊鼠標，選擇菜單命令就可以完成大部分工作，獲得滿意的結果。

3.Stata

一套提供其使用者數據分析、數據管理以及繪制專業圖表的完整及整合性統計軟件。它提供許許多多功能，包含線性混合模型、均衡重復反復及多項式普羅比模式。Stata較好地實現了使用簡便和功能強大兩者的結合。盡管其簡單易學，它在數據管理和許多前沿統計方法中的功能還是非常強大的。用戶可以很容易的下載到別人已有的程序，也可以自己去編寫，并使之與Stata緊密結合。

4.SAS

一個模塊化、集成化的大型應用軟件系統。SAS由于其功能強大而且可以編程，很受高級用戶的歡迎。也正是基于此，它是最難掌握的軟件之一。使用SAS時，你需要編寫SAS程序來處理數據，進行分析。如果在一個程序中出現一個錯誤，找到并改正這個錯誤將是困難的。SAS適合高級用戶使用。它的學習過程是艱苦的，最初的階段會使人灰心喪氣。然而它還是以強大的數據管理和同時處理大批數據文件的功能，得到高級用戶的青睞。

5.graphpad prism

一款醫學繪圖軟件，他基于生物統計，曲線擬合和科學繪圖于一體，是專業制作的SCI論文圖表的利器。（別說我沒告訴你，點這里有教程哦）

6.SigmaPlot

一款最佳的科學繪圖軟件，畫出精密的圖型是件極容易的事，目前巳有超過十萬的使用者，特別設計給科學家使用。本軟件允許您自行建立任何所需的圖型，您可插入多條水平或垂直軸，指定Error bar的方向，讓您的圖更光彩耀眼，只要用SigmaPlot將圖制作完成即可動態連結給其它軟件展示使用，并可輸出成EPS、TIFF、JPEG等圖形格式，或置放于您的網站上以供瀏覽。非常適合網站動態顯示圖形使用之場所如長時間紀錄之氣象，溫度等等場合。

八、圖片處理軟件

1.ImageJ

一個基于java的公共的圖像處理軟件。其能夠顯示，編輯，分析，處理，保存，打印8位，16位，32位的圖片， 支持TIFF, PNG, GIF, JPEG, BMP, DICOM, FITS等多種格式。ImageJ支持圖像棧功能，即在一個窗口里以多線程的形式層疊多個圖像， 并行處理。只要內存允許，ImageJ能打開任意多的圖像進行處理。除了基本的圖像操作， 比如縮放，旋轉， 扭曲， 平滑處理外，ImageJ還能進行圖片的區域和像素統計， 間距，角度計算， 能創建柱狀圖和剖面圖，進行傅里葉變換。

2.mage-Pro Plus

功能強大的2D和3D圖像處理、增強和分析軟件，具有異常豐富的測量和定制功能。作為鼎鼎大名的Image-Pro 軟件系列中功能最強大的成員之一， 它包含了異常豐富的增強和測量工具，并允許用戶自行編寫針對特定應用的宏和插件，是世界最頂級的圖像分析軟件包。

3. ACD ChemSketch

一款化學畫圖軟件。該軟件可用于畫化學結構、反應和圖形。也可用于設計與化學相關的報告和演講材料。

4.ACD Canvas

ACD公司推出的一款強大的矢量繪圖軟件，程序無縫集成了用于繪畫、圖像編輯和 Web 設計的工具；可以以多種格式(包括動畫和 Web 就緒文件)導出繪畫作品，它在剪輯圖庫上捆綁了用于位圖編輯、展示、Web 圖形和矢量圖繪制的工具。

5.Adobe Photoshop CS6中文版

Adobe公司旗下最為出名的圖像處理軟件之一，集圖像掃描、編輯修改、圖像制作、廣告創意，圖像輸入與輸出于一體的圖形圖像處理軟件，深受廣大平面設計人員和電腦美術愛好者的喜愛。

九、文獻管理軟件

1、Endnote

Endnote由Thomson Scientific開發的SCI官方文件管理軟件。直接連接上千個數據庫，并提供通用的檢索方式，提高科技文獻的檢索效率；能管理的數據庫沒有上限；能將參考文獻嵌入word編輯軟件中，方便邊寫邊插入參考文獻；同時系統資源占用小，有很強的外擴展功能；是論文文獻搜索、編輯、管理、引用的小幫手。

2、Refviz

文件分析軟件，與Endnote結合使用來分析文獻。能夠判斷搜索的準確性，輔助決定進一步閱讀方向，認為介入聚類，被成為文獻的眼睛而著名。

3、Noteexpress

NoteExpress 是國內最專業的文獻檢索與管理系統，以附件方式管理參考文獻全文或各類文件，加上筆記功能的結合，快捷的全文檢索，數據挖掘了解最新進展，自動完成參考文獻引用的格式化等，使該軟件可以作為強大的個人知識管理系統。

4、Mendeley

Mendeley是一款免費的跨平臺文獻管理軟件，同時也是一個在線的學術社交網絡平臺。可一鍵抓取網頁上的文獻信息添加到個人的library中，也可通過安裝插件方便在文字編輯器中插入和管理參考文獻。

十、醫藥學類生信分析軟件

1、新編全醫藥學大詞典

《新編全醫藥學大詞典》原名《網際金典》，是醫脈通旗下一款專業醫學翻譯軟件。電腦版支持詞典查詢，屏幕取詞，全文翻譯，自動學習和輔助輸入等強大功能；移動版另有抓拍取詞，詞庫管理，醫學咨詢等內容。

2、麥克明彩色人體解剖圖譜

《麥克明彩色人體解剖圖譜》是由人民衛生出版社出版的一本人體解剖類圖書，重點突出臨床解剖學，包括了頭、顱和腦，脊柱和脊髓，上肢，胸部，腹部和盆腔，下肢，系統觀察幾大塊內容，標注清晰，內容豐富，是最受歡迎的解剖圖譜。

3、3dBody人體解剖軟件

“3Dbody解剖”是一套3D解剖教學系統平臺，提供了男女二套全三維的數字模型，是目前最完整全面的解剖學數據，涵蓋了人體所有解剖系統，同時提供了骨性標志圖、肌肉動作動畫、肌肉起止點、針灸穴位、斷層解剖、英文發音、注釋等信息。數據詳實，操作功能強大，通過實時三維操作，輕易獲得層層解剖人體的機會。

十一、質粒繪圖的專業軟件

1.SimVector

SimVector是來自國外的一個非常優秀的質粒繪圖軟件。主要功能就是繪制高質量的質料圖，還有載體圖和序列圖等等。此外質粒圖繪制軟件還支持發表質粒圖與序列、載體圖等，非常專業。

2.BVTech Plasmid

BVTech Plasmid DNA質粒繪圖軟件是免費軟件，可以用它來繪制圓或線性的雙鏈和單鏈質粒圖譜與。可以用不同的顏色、文本和樣式上標注基因和限制位點的質粒。

3.Winplas

Winplas作為一個質粒繪圖的專業軟件，功能強大，而且極易上手，它可以繪制出具有發表質量的質粒圖譜。可廣范應用于論文、教程的質粒插圖，它的特性包括：1，無論是否知道質粒的原始序列都能繪制質粒圖；2，可讀入各種流行得序列格式文件，能方便地導入各種序列信息；3，可自動在識別序列中的限制性酶切位點；4，可對序列進行各種編輯 5， 繪圖功能強大，如：位點標簽、任意位置文字插入、生成彩圖、線性或環形質粒圖譜，可輸出到剪貼板或圖像文件。

十二、引物設計軟件

1.Primer Express

一款引物設計軟件，可用于設計引物和探針，尤其適用于熒光PCR探針的設計，可以精確計算寡核苷酸與熒光基團鰲合后的Tm值。可以預測引物與引物之間與模板之間等的二級結構。

2. Oligo 7.37

用于引物探針的設計，引物探針的驗證，一般用來和PRIMER PREMIER配套設計PCR引物。從序列文件中搜索和選擇寡核苷酸的多功能程序，應用于聚合酶鏈反應(PCR),DNA測序，定點突變及各種各樣的雜交研究。根據最近鄰熱力學值計算寡核苷酸的雜交溫度和二級結構。 這個好工具也用于構建合成基因，在已合成的基因中發現適當的序列引物，發現和多元化一致的引物和探針， 甚至發現蛋白質潛在的限制位點。

3. primer premier

一款專業的引物設計軟件，具有PCR或測序引物以及雜交探針設計功能。可以簡單地通過手動拖動鼠標以擴增出相應片段所需的引物，而在手動的任何時候，下面顯示各種參數的改變和可能的二聚體、異 二聚體、發夾結構等。也可以給定條件，讓軟件自動搜索引物，并將引物分析結果顯示出來。

4.FastPCRy

一款快速設計各種類型PCR引物的工具，包括一些常用的DNA與蛋白序列軟件工具。基于在標準和長PCR、反向PCR引物的設計新方法，直接氨基酸序列的簡并PCR、多重PCR和電子PCR；序列比對、聚類和任何重復序列搜索。

十三、其它類型軟件：

solQTL 是番茄基因組測序計劃的基因組信息資源門戶網站數據庫 SGN (http://solgenomics.net) 的子模塊。

SeqBuster（分析人類胚胎干細胞小 RNA）

網站鏈接：http://estivill_lab.crg.es/seqbuster

允許對任何自定義數據庫進行注釋。在一個獨立的平臺上 SeqBuster 綜合了多個分析模塊，構成了第一個提供 miRNA 變異體（isomiRs）特性的重要生信工具，SequBuster 常用于貯存人胚胎干細胞小 RNA 的數據集。

Phamerator（用于比較噬菌體基因組）

通過成對比較將編碼蛋白的基因分配到相關序列的「Phamily 基因家族」中，以生成具有共同基因關系的數據庫。Phamerator 用于生成多種含核苷酸和氨基酸序列的噬菌體以及含有保守結構域的基因的圓形基因組圖譜，便于分析通過水平上的基因交換的噬菌體種群的遷移，從而了解到單個基因的進化史。

ARG-ANNOT [Antibiotic Resistance Gene-ANNOTation]（用于檢測細菌基因組的抗生素抗性（AR）基因)

在此之前，雖然已有數個 AR 基因數據庫如，2005 年的 ARGO 數據庫、2007 年的 MvirDB 的微生物數據庫、2009 年的 ARDB 數據庫、2012 年的 Resfinder 數據庫，但是除了 ResFinder 之外的這些數據庫已再也沒更新過。ResFinder 只能查到已被人發現的 AR 基因，而且也不能檢測與 AR 有關的染色體靶基因的點突變。

于是，在 2014 年，Rolain 課題組創建了 ARG-ANNOT 數據庫，ARG-ANNOT 利用 Bio-EditH 軟件通過 BLAST 程序來操作，允許用戶不需要在網絡界面上能分析已知和推定假設的 AR 基因的序列。具有抗生素抗性的決定簇來自于發表的文章和網絡資源，核苷酸和蛋白序列則從 NCBI GenBank 數據庫中提取。通過構建了包含 1689 個 AR 基因的數據庫后， 隨機抽取 100 條序列測試這個 Bio-Edit 軟件，以證明 ARG-ANNOT 具有 100% 特異性和敏感性。

除此之外，做數據分析還需要會用Linux，會使用bash，還需要掌握一些常用的統計學知識，以及一門統計語言，比如R語言。此外，還需要會至少一門編程語言，一般來講C++,Perl,Python,Java這幾種中的一種。其他的知識則取決于研究領域。比如如果想要研發高性能的序列比對軟件，則算法和并行計算的知識必不可少。

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