生信實(shí)證系列Vol.15:如何用AlphaFold2,啪,一鍵預(yù)測100+蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)
"結(jié)構(gòu)就是功能"——蛋白質(zhì)的工作原理和作用取決于其3D形狀。 2020年末,基于深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的AlphaFold2,一舉破解了 …
"結(jié)構(gòu)就是功能"——蛋白質(zhì)的工作原理和作用取決于其3D形狀。 2020年末,基于深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的AlphaFold2,一舉破解了 …
HFSS(High Frequency Structure Simulator)是世界上第一款商業(yè)化的3D電磁仿真軟件。由Ansoft公司在1990年開發(fā)并 …
Siemens的Calibre是業(yè)內(nèi)權(quán)威的版圖驗(yàn)證軟件,被各大Foundry廠廣泛認(rèn)可。用戶可以直接在Virtuoso界面集成Calibre接 …
LeDock是蘇黎世大學(xué)Zhao HongTao在博士期間開發(fā)的一款分子對接軟件,專為快速準(zhǔn)確地將小分子靈活對接到蛋白質(zhì)而設(shè) …
說起多物理場仿真,必然繞不開COMSOL Multiphysics。不局限于究竟是哪種物理場,不局限于物理場之間如何實(shí)現(xiàn)耦合 …
這是我們EDA云實(shí)證的第四期。 本期實(shí)證的主角是——Virtuoso。 半導(dǎo)體行業(yè)中使用范圍最廣的EDA應(yīng)用之一。 1991年Vir …
MOE(Molecular Operating Environment)是加拿大化學(xué)計(jì)算集團(tuán)公司Chemical Computing Group Inc.開發(fā)的一套計(jì)算 …
LS-DYNA是一個(gè)以顯式求解為主,隱式求解為輔的通用非線性動(dòng)力有限元分析程序,核心是求解器。 用戶主要是高校/科 …
新思科技(Synopsys)家的VCS,在半導(dǎo)體行業(yè)使用率極高,背景我們就不多說了。 對經(jīng)常跑EDA或其他算力密集型任務(wù) …
在上一篇生信云實(shí)證《提速2920倍!用AutoDock Vina對接2800萬個(gè)分子》里,我們基于不同用戶策略,調(diào)用10萬核CPU資 …
“得益于速石平臺的Auto-Scale功能,我們的AutoDock Vina工作負(fù)載能夠溢出到云端進(jìn)行計(jì)算,數(shù)分鐘就能完成1000+節(jié)點(diǎn)的并行計(jì)算。”
效率提升
成本節(jié)約
“fastone為我們提供了一個(gè)即開即用的云端研發(fā)環(huán)境,主要幫我們做到了兩件事情: 一是合理的任務(wù)拆分,二是調(diào)度了大量的云資源。最終跑完任務(wù)只用了不到一天,費(fèi)用也很合理。”
本地計(jì)算周期
云端耗時(shí)
“以往CAE部門都是采用單機(jī)模式計(jì)算,算得慢是一方面,大家還都喜歡爭搶配置高的機(jī)器。速石科技的方案解決了這一問題,提升了我們的模擬性能,操作方式也不用改變。”
應(yīng)用性能提升
任務(wù)文件傳輸
“分布式訓(xùn)練需要大量的GPU資源,通過傳統(tǒng)渠道幾乎不可能在短時(shí)間內(nèi)獲得這么多GPU,成本也非常高。通過速石平臺,我們不僅獲得了足夠數(shù)量的GPU,操作方式也非常簡單。”
新型號GPU
訓(xùn)練時(shí)間
“因項(xiàng)目結(jié)題需要,必須在一周內(nèi)完成10多個(gè)case的運(yùn)算,我們實(shí)驗(yàn)室的機(jī)器只有80核,這時(shí)候去租超算也來不及了,幸好速石平臺為我們快速調(diào)來了足夠的資源,配置也很貼合計(jì)算需求,而且還不用排隊(duì)。”
資源
排隊(duì)
“速石平臺幫助我們快速準(zhǔn)確地處理與分析了大規(guī)模數(shù)據(jù),從高頻交易到風(fēng)險(xiǎn)合規(guī)性,充分判斷了走勢、風(fēng)險(xiǎn)和盈利,這讓我們從數(shù)據(jù)中獲取了更多深刻見解。”
資源保障
資源證書
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