生信分析、生物計(jì)算，由于涉及領(lǐng)域廣，計(jì)算方式復(fù)雜，常用的分析軟件和計(jì)算工具也是數(shù)目龐雜，可以說(shuō)是使用偏好因?qū)W科而異、因人而異。下面生信分析領(lǐng)域的網(wǎng)友總結(jié)的常用軟件供大家參考。
一、PPT模板與軟件：
ScienceSlides ：
ScienceSlides 生物信息繪制軟件 ，是一種PPT插件，可方便的畫出各種細(xì)胞器化學(xué)結(jié)構(gòu)，用來(lái)論文畫圖確實(shí)很好用。特別是用這個(gè)和AI（illustrator）結(jié)合，畫的圖可以媲美老外的CNS哦。
二、代謝與信號(hào)分析軟件：
CellNetAnalyzer：
CellNetAnalyzer，是一種細(xì)胞網(wǎng)絡(luò)分析工具，前身是FluxAnalyzer，是基于MatLab的代謝網(wǎng)絡(luò)和信號(hào)傳導(dǎo)網(wǎng)絡(luò)分析模塊，。這是一個(gè)典型的代謝流分析工具，可以進(jìn)行代謝流的計(jì)算、預(yù)測(cè)、目標(biāo)函數(shù)的優(yōu)化，端途徑分析、元素模式分析，以及代謝流之間的對(duì)比等。可以基本滿足研究一個(gè)中型代謝網(wǎng)絡(luò)的結(jié)構(gòu)尤其是計(jì)算流分配的要求，大部分論文中的代謝網(wǎng)絡(luò)分析都是或明或暗的用這個(gè)分析的。
三、兩維/三維構(gòu)圖軟件：
1.DeepViewer _4.10_PC
DeepViewer 蛋白質(zhì)分析構(gòu)圖軟件，曾經(jīng)也叫做Swiss-PdbViewer，是一個(gè)可以同時(shí)分析幾個(gè)蛋白的應(yīng)用程序。為了結(jié)構(gòu)比對(duì)并且比較活性位點(diǎn)或者任何別的相關(guān)部分，蛋白質(zhì)被分成幾個(gè)層次。氨基酸突變，氫鍵，原子間的角和距離在直觀的圖示和菜單界面上很容易獲得。
2.pymol-0_99rc6-bin-win32
PyMOL是一個(gè)開放源碼，由使用者贊助的分子三維結(jié)構(gòu)顯示軟件。PyMOL適用于創(chuàng)作高品質(zhì)的小分子或是生物大分子（特別是蛋白質(zhì)）的三維結(jié)構(gòu)圖像。PyMOL的源代碼目前仍可以免費(fèi)下載，供使用者編譯。對(duì)于Linux、Unix以及Mac OS X等操作系統(tǒng)，非付費(fèi)用戶可以通過(guò)自行編譯源代碼來(lái)獲得PyMOL執(zhí)行程式；而對(duì)于Windows的使用者，如果不安裝第三方軟件，則無(wú)法編譯源代碼。
四、分子生物學(xué)軟件
1.DNASTAR_Lasergene.v7.1
LaserGene是美國(guó)DNAStar公司發(fā)行的綜合性序列工具軟件，可用于發(fā)現(xiàn)和注釋DNA序列中的基因，并操作所關(guān)注的DNA的其他feature。現(xiàn)階段版本的LaserGene包括EditSeq、 MapDraw、SeqMan、GeneQuest、PrimerSelect、Megalign、Protean應(yīng)用程序，具有序列的編輯、轉(zhuǎn)換、開放閱讀框的查找、引物設(shè)計(jì)、酶切作圖、序列比較等功能，其功能幾乎囊括了分子生物學(xué)領(lǐng)域大多數(shù)內(nèi)容。
2.modfitLT-BD周期分析軟件
ModFitLT是由美國(guó)VeritySoftwareHouse公司設(shè)計(jì)，是用于流式細(xì)胞術(shù)中進(jìn)行細(xì)胞周期分析的軟件。它通過(guò)對(duì)DNA含量直方圖進(jìn)行曲線擬合，能快速計(jì)算出分析細(xì)胞周期各時(shí)相細(xì)胞的含量、G1/S/G2+M細(xì)胞的百分比，并測(cè)量腫瘤細(xì)胞的DNA指數(shù)(DNAIndex)、及析凋亡細(xì)胞亞二倍體所占的比例，實(shí)為研究凋亡細(xì)胞生物與藥理小伙伴的一大利器。
3. odyssey western blot
Li-cor公司推出的Odyssey紅外激光雙色圖像分析系統(tǒng)配套軟件。是掃完Western后在自己電腦上分析的必備軟件（反正浙大醫(yī)學(xué)院公共平臺(tái)是用的這個(gè)）。
4. 漢化版DNAMAN6.0-Raindy
DNAMAN 是一種常用的核酸序列分析軟件，功能強(qiáng)大，使用方便。可以不同形式顯示序列，進(jìn)行DNA 序列的限制性酶切位點(diǎn)分析、DNA 序列比對(duì)分析（Dot Matrix Comparision）、序列同源性分析（兩序列同源性分析、多序列同源性分析）等。
5.BioEdit7.0.9.0
BioEdit是一個(gè)功能齊全的分子生物學(xué)應(yīng)用軟件，可以完成核苷酸序列和蛋白質(zhì)序列進(jìn)行所有常規(guī)的分析操作，如：序列比對(duì)、序列檢索、引物設(shè)計(jì)、系統(tǒng)發(fā)育分析等。與DNAMAN 相比，其分析內(nèi)容相對(duì)更豐富一些，而且提供了很多網(wǎng)絡(luò)程序的分析界面和接口。
6.chromas（基因測(cè)序峰圖查看軟件）
chromas是一款非常好用的專業(yè)基因測(cè)序列查看軟件，如果在從事科研的過(guò)程中需要測(cè)序列和查看彩圖可以使用這款工具，同時(shí)還擁有打開ABI格式的功能。
7.flowjo流式細(xì)胞分析軟件破解版
Flowjo是一款優(yōu)秀的流式細(xì)胞分析專業(yè)軟件，可以兼容幾乎所有流式儀器采集的數(shù)據(jù)，可以彌補(bǔ)其它機(jī)器自帶軟件的分析功能不足的缺憾，滿足用戶的數(shù)據(jù)分析要求，這也是FlowJo備受歡迎及推崇的原因。
8.SSRHunter 1.3（微衛(wèi)星DNA位點(diǎn)查找軟件）
又稱微衛(wèi)星DNA位點(diǎn)查找軟件，是利用生物信息學(xué)方法在一個(gè)相對(duì)狹小的基因組區(qū)段內(nèi)開發(fā)新的SSR標(biāo)記的一個(gè)工具。SSRHunter軟件能夠搜索潛在的SSR位點(diǎn)，完成較為出色。此外，SSRHunter還提供了自動(dòng)序列預(yù)處理、常規(guī)的序列整理和序列變換功能、以及方便的結(jié)果輸出方式。
9.Vector NTI 11.5.1 破解版
Vector NTI Suite是一套功能強(qiáng)大、界面美觀而又友好的分子生物學(xué)應(yīng)用軟件包。它主要包括四個(gè)組件，分別對(duì)DNA、RNA和蛋白質(zhì)進(jìn)行各種分析和操作。主要支持以下幾種分析：對(duì)分子序列的操作、常規(guī)操作、常規(guī)分析、圖形操作。
五、流程圖繪制軟件：
1.SmartDraw
一款能夠輕松制作組織機(jī)構(gòu)圖、流程圖、地圖、房間布局圖、數(shù)學(xué)公式、統(tǒng)計(jì)表、化學(xué)分析圖表、解剖圖表、界面原型等等。自帶的圖庫(kù)里包含數(shù)百個(gè)示例、數(shù)千個(gè)符號(hào)和外形可以直接套用，官網(wǎng)中下載更多的符號(hào)和外形。他簡(jiǎn)單的操作界面使使用者只需選擇模板并更換原件就能完成制圖，而不用從白紙起步畫。
2.ConceptDraw
是一個(gè)強(qiáng)大的跨平臺(tái)應(yīng)用程序，他提供了強(qiáng)大的矢量繪圖工具、庫(kù)以及許多的預(yù)置的圖例形狀，內(nèi)置描述語(yǔ)言、支持多種格式文檔的輸入輸出、支持連接ODBC數(shù)據(jù)庫(kù)和其它許多的功能。它支持GIF、JPEG、PICT、EPS、Windows bmp 以及多媒體文件。與他一些列的還有思維導(dǎo)圖繪制軟件ConceptDraw MINDMAP以及項(xiàng)目管理軟件ConceptDraw PROJECT，可以互補(bǔ)使用。
六、凝膠分析軟件：
1.Gel-pro analyzer
是一塊功能強(qiáng)大的凝膠分析軟件，它的功能包括泳道分析， DNA分析，分子量計(jì)算，條帶分析，Dot-blot電泳分析，菌落計(jì)數(shù)-培養(yǎng)皿計(jì)數(shù)，測(cè)量面積/密度，實(shí)驗(yàn)報(bào)告輸出，宏的功能與應(yīng)用。
2.QuantiScan
使用簡(jiǎn)單，功能專一的凝膠掃描、分析軟件。可以分析，掃描多種多樣的材料成分，分析凝膠，污點(diǎn)和薄層層析板等。 它以極小的成本達(dá)到類似于精密顯像密度計(jì)的功能。它分析的對(duì)象不僅包括BMP.JPG圖片，還包括沒有解壓的TIF文件等，可以對(duì)幾乎所有圖片進(jìn)行多種預(yù)處理。
3.Quantity One
一款來(lái)自Bio-Rad的1D凝膠定量軟件，是The Discovery Series 軟件家族的成員，可以在Bio-Rad官網(wǎng)下載到非破解版。它可成像和分析一維電泳凝膠、斑點(diǎn)印跡、狹線 印跡和菌落計(jì)數(shù)。Quantity One 軟件能定量和分析多種數(shù)據(jù)，包括從光密 度儀、儲(chǔ)能磷屏成像儀、熒光成像儀和凝膠成像系統(tǒng)采集的放射性、化學(xué) 發(fā)光、熒光和染色等樣品。它提供自動(dòng)分析功能以快速獲取高質(zhì)量結(jié)果。
4.PDQuest
另一款來(lái)自Bio-Rad的軟件，是2D凝膠定量軟件，也可以在Bio-Rad官網(wǎng)下載到非破解版。它的分析方式主要有4種：泳道/條帶軌跡定量法；等高線直接定量法；菌落計(jì)數(shù)；分子量測(cè)定
5.ImageLab
一套圖像處理軟件，也是來(lái)自Bio-Rad的軟件，全名叫做Image Laboratory。該軟件包括文件打開，保存，顯示，打印，復(fù)制，粘貼，鏡像，旋轉(zhuǎn)，反色等常用功能之外，特別提供一系列圖像處理功能，如圖像的平滑、銳化、中值濾波、灰度拉伸、亮度變換、直方圖均衡、顏色調(diào)整、二值化、邊沿提取等。采用多文檔界面，可以同時(shí)打開顯示多個(gè)圖像進(jìn)行大量處理。
6.BandScan
一款通用的電泳膠條帶定量分析軟件。可以手動(dòng)、自動(dòng)找到條帶，手動(dòng)的條帶可以是無(wú)規(guī)則的，可以清除背景。可以進(jìn)行分子量、百分比、質(zhì)量、波峰等方面的定量分析。可以直接使用掃描儀。可以將數(shù)據(jù)輸出到excel文件。是一個(gè)很常用的凝膠圖像分析軟件，用它分析蛋白表達(dá)量。功能包括凝膠圖像分析、光密度掃描、分子量計(jì)算、自動(dòng)查找條帶、雜點(diǎn)去除、電泳遷移校正功能。它是一款非常好用的圖像處理類生物軟件。
七、數(shù)學(xué)統(tǒng)計(jì)軟件
1.SPSS
世界上最早采用圖形菜單驅(qū)動(dòng)界面的統(tǒng)計(jì)軟件，它最突出的特點(diǎn)就是操作界面極為友好，輸出結(jié)果美觀漂亮。它將幾乎所有的功能都以統(tǒng)一、規(guī)范的界面展現(xiàn)出來(lái)，使用Windows的窗口方式展示各種管理和分析數(shù)據(jù)方法的功能，對(duì)話框展示出各種功能選擇項(xiàng)。用戶只要掌握一定的Windows操作技能，精通統(tǒng)計(jì)分析原理，就可以使用該軟件為特定的科研工作服務(wù)。SPSS采用類似EXCEL表格的方式輸入與管理數(shù)據(jù)，數(shù)據(jù)接口較為通用，能方便的從其他數(shù)據(jù)庫(kù)中讀入數(shù)據(jù)。其統(tǒng)計(jì)過(guò)程包括了常用的、較為成熟的統(tǒng)計(jì)過(guò)程，完全可以滿足非統(tǒng)計(jì)專業(yè)人士的工作需要。
2.origin8.0
一款專業(yè)的制圖軟件與數(shù)據(jù)分析軟件，由OriginLab公司制作發(fā)布的。origin8.0能夠滿足一般用戶的制圖需求，而且還能支持高級(jí)用戶的數(shù)據(jù)分析與函數(shù)擬合。這款軟件適用于研究人員、工程師、科學(xué)人員，它具有簡(jiǎn)單易學(xué)、操作靈活、功能強(qiáng)大的特點(diǎn)。使用Origin就像使用Excel和Word那樣簡(jiǎn)單，只需點(diǎn)擊鼠標(biāo)，選擇菜單命令就可以完成大部分工作，獲得滿意的結(jié)果。
3.Stata
一套提供其使用者數(shù)據(jù)分析、數(shù)據(jù)管理以及繪制專業(yè)圖表的完整及整合性統(tǒng)計(jì)軟件。它提供許許多多功能，包含線性混合模型、均衡重復(fù)反復(fù)及多項(xiàng)式普羅比模式。Stata較好地實(shí)現(xiàn)了使用簡(jiǎn)便和功能強(qiáng)大兩者的結(jié)合。盡管其簡(jiǎn)單易學(xué)，它在數(shù)據(jù)管理和許多前沿統(tǒng)計(jì)方法中的功能還是非常強(qiáng)大的。用戶可以很容易的下載到別人已有的程序，也可以自己去編寫，并使之與Stata緊密結(jié)合。
4.SAS
一個(gè)模塊化、集成化的大型應(yīng)用軟件系統(tǒng)。SAS由于其功能強(qiáng)大而且可以編程，很受高級(jí)用戶的歡迎。也正是基于此，它是最難掌握的軟件之一。使用SAS時(shí)，你需要編寫SAS程序來(lái)處理數(shù)據(jù)，進(jìn)行分析。如果在一個(gè)程序中出現(xiàn)一個(gè)錯(cuò)誤，找到并改正這個(gè)錯(cuò)誤將是困難的。SAS適合高級(jí)用戶使用。它的學(xué)習(xí)過(guò)程是艱苦的，最初的階段會(huì)使人灰心喪氣。然而它還是以強(qiáng)大的數(shù)據(jù)管理和同時(shí)處理大批數(shù)據(jù)文件的功能，得到高級(jí)用戶的青睞。
5.graphpad prism
一款醫(yī)學(xué)繪圖軟件，他基于生物統(tǒng)計(jì)，曲線擬合和科學(xué)繪圖于一體，是專業(yè)制作的SCI論文圖表的利器。（別說(shuō)我沒告訴你，點(diǎn)這里有教程哦）
6.SigmaPlot
一款最佳的科學(xué)繪圖軟件，畫出精密的圖型是件極容易的事，目前巳有超過(guò)十萬(wàn)的使用者，特別設(shè)計(jì)給科學(xué)家使用。本軟件允許您自行建立任何所需的圖型，您可插入多條水平或垂直軸，指定Error bar的方向，讓您的圖更光彩耀眼，只要用SigmaPlot將圖制作完成即可動(dòng)態(tài)連結(jié)給其它軟件展示使用，并可輸出成EPS、TIFF、JPEG等圖形格式，或置放于您的網(wǎng)站上以供瀏覽。非常適合網(wǎng)站動(dòng)態(tài)顯示圖形使用之場(chǎng)所如長(zhǎng)時(shí)間紀(jì)錄之氣象，溫度等等場(chǎng)合。
八、圖片處理軟件
1.ImageJ
一個(gè)基于java的公共的圖像處理軟件。其能夠顯示，編輯，分析，處理，保存，打印8位，16位，32位的圖片， 支持TIFF, PNG, GIF, JPEG, BMP, DICOM, FITS等多種格式。ImageJ支持圖像棧功能，即在一個(gè)窗口里以多線程的形式層疊多個(gè)圖像， 并行處理。只要內(nèi)存允許，ImageJ能打開任意多的圖像進(jìn)行處理。除了基本的圖像操作， 比如縮放，旋轉(zhuǎn)， 扭曲， 平滑處理外，ImageJ還能進(jìn)行圖片的區(qū)域和像素統(tǒng)計(jì)， 間距，角度計(jì)算， 能創(chuàng)建柱狀圖和剖面圖，進(jìn)行傅里葉變換。
2.mage-Pro Plus
功能強(qiáng)大的2D和3D圖像處理、增強(qiáng)和分析軟件，具有異常豐富的測(cè)量和定制功能。作為鼎鼎大名的Image-Pro 軟件系列中功能最強(qiáng)大的成員之一， 它包含了異常豐富的增強(qiáng)和測(cè)量工具，并允許用戶自行編寫針對(duì)特定應(yīng)用的宏和插件，是世界最頂級(jí)的圖像分析軟件包。
3. ACD ChemSketch
一款化學(xué)畫圖軟件。該軟件可用于畫化學(xué)結(jié)構(gòu)、反應(yīng)和圖形。也可用于設(shè)計(jì)與化學(xué)相關(guān)的報(bào)告和演講材料。
4.ACD Canvas
ACD公司推出的一款強(qiáng)大的矢量繪圖軟件，程序無(wú)縫集成了用于繪畫、圖像編輯和 Web 設(shè)計(jì)的工具；可以以多種格式(包括動(dòng)畫和 Web 就緒文件)導(dǎo)出繪畫作品，它在剪輯圖庫(kù)上捆綁了用于位圖編輯、展示、Web 圖形和矢量圖繪制的工具。
5.Adobe Photoshop CS6中文版
Adobe公司旗下最為出名的圖像處理軟件之一，集圖像掃描、編輯修改、圖像制作、廣告創(chuàng)意，圖像輸入與輸出于一體的圖形圖像處理軟件，深受廣大平面設(shè)計(jì)人員和電腦美術(shù)愛好者的喜愛。
九、文獻(xiàn)管理軟件
1、Endnote
Endnote由Thomson Scientific開發(fā)的SCI官方文件管理軟件。直接連接上千個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)，并提供通用的檢索方式，提高科技文獻(xiàn)的檢索效率；能管理的數(shù)據(jù)庫(kù)沒有上限；能將參考文獻(xiàn)嵌入word編輯軟件中，方便邊寫邊插入?yún)⒖嘉墨I(xiàn)；同時(shí)系統(tǒng)資源占用小，有很強(qiáng)的外擴(kuò)展功能；是論文文獻(xiàn)搜索、編輯、管理、引用的小幫手。
2、Refviz
文件分析軟件，與Endnote結(jié)合使用來(lái)分析文獻(xiàn)。能夠判斷搜索的準(zhǔn)確性，輔助決定進(jìn)一步閱讀方向，認(rèn)為介入聚類，被成為文獻(xiàn)的眼睛而著名。
3、Noteexpress
NoteExpress 是國(guó)內(nèi)最專業(yè)的文獻(xiàn)檢索與管理系統(tǒng)，以附件方式管理參考文獻(xiàn)全文或各類文件，加上筆記功能的結(jié)合，快捷的全文檢索，數(shù)據(jù)挖掘了解最新進(jìn)展，自動(dòng)完成參考文獻(xiàn)引用的格式化等，使該軟件可以作為強(qiáng)大的個(gè)人知識(shí)管理系統(tǒng)。
4、Mendeley
Mendeley是一款免費(fèi)的跨平臺(tái)文獻(xiàn)管理軟件，同時(shí)也是一個(gè)在線的學(xué)術(shù)社交網(wǎng)絡(luò)平臺(tái)。可一鍵抓取網(wǎng)頁(yè)上的文獻(xiàn)信息添加到個(gè)人的library中，也可通過(guò)安裝插件方便在文字編輯器中插入和管理參考文獻(xiàn)。
十、醫(yī)藥學(xué)類生信分析軟件
1、新編全醫(yī)藥學(xué)大詞典
《新編全醫(yī)藥學(xué)大詞典》原名《網(wǎng)際金典》，是醫(yī)脈通旗下一款專業(yè)醫(yī)學(xué)翻譯軟件。電腦版支持詞典查詢，屏幕取詞，全文翻譯，自動(dòng)學(xué)習(xí)和輔助輸入等強(qiáng)大功能；移動(dòng)版另有抓拍取詞，詞庫(kù)管理，醫(yī)學(xué)咨詢等內(nèi)容。
2、麥克明彩色人體解剖圖譜
《麥克明彩色人體解剖圖譜》是由人民衛(wèi)生出版社出版的一本人體解剖類圖書，重點(diǎn)突出臨床解剖學(xué)，包括了頭、顱和腦，脊柱和脊髓，上肢，胸部，腹部和盆腔，下肢，系統(tǒng)觀察幾大塊內(nèi)容，標(biāo)注清晰，內(nèi)容豐富，是最受歡迎的解剖圖譜。
3、3dBody人體解剖軟件
“3Dbody解剖”是一套3D解剖教學(xué)系統(tǒng)平臺(tái)，提供了男女二套全三維的數(shù)字模型，是目前最完整全面的解剖學(xué)數(shù)據(jù)，涵蓋了人體所有解剖系統(tǒng)，同時(shí)提供了骨性標(biāo)志圖、肌肉動(dòng)作動(dòng)畫、肌肉起止點(diǎn)、針灸穴位、斷層解剖、英文發(fā)音、注釋等信息。數(shù)據(jù)詳實(shí)，操作功能強(qiáng)大，通過(guò)實(shí)時(shí)三維操作，輕易獲得層層解剖人體的機(jī)會(huì)。
十一、質(zhì)粒繪圖的專業(yè)軟件
1.SimVector
SimVector是來(lái)自國(guó)外的一個(gè)非常優(yōu)秀的質(zhì)粒繪圖軟件。主要功能就是繪制高質(zhì)量的質(zhì)料圖，還有載體圖和序列圖等等。此外質(zhì)粒圖繪制軟件還支持發(fā)表質(zhì)粒圖與序列、載體圖等，非常專業(yè)。
2.BVTech Plasmid
BVTech Plasmid DNA質(zhì)粒繪圖軟件是免費(fèi)軟件，可以用它來(lái)繪制圓或線性的雙鏈和單鏈質(zhì)粒圖譜與。可以用不同的顏色、文本和樣式上標(biāo)注基因和限制位點(diǎn)的質(zhì)粒。
3.Winplas
Winplas作為一個(gè)質(zhì)粒繪圖的專業(yè)軟件，功能強(qiáng)大，而且極易上手，它可以繪制出具有發(fā)表質(zhì)量的質(zhì)粒圖譜。可廣范應(yīng)用于論文、教程的質(zhì)粒插圖，它的特性包括：1，無(wú)論是否知道質(zhì)粒的原始序列都能繪制質(zhì)粒圖；2，可讀入各種流行得序列格式文件，能方便地導(dǎo)入各種序列信息；3，可自動(dòng)在識(shí)別序列中的限制性酶切位點(diǎn)；4，可對(duì)序列進(jìn)行各種編輯 5， 繪圖功能強(qiáng)大，如：位點(diǎn)標(biāo)簽、任意位置文字插入、生成彩圖、線性或環(huán)形質(zhì)粒圖譜，可輸出到剪貼板或圖像文件。
十二、引物設(shè)計(jì)軟件
1.Primer Express
一款引物設(shè)計(jì)軟件，可用于設(shè)計(jì)引物和探針，尤其適用于熒光PCR探針的設(shè)計(jì)，可以精確計(jì)算寡核苷酸與熒光基團(tuán)鰲合后的Tm值。可以預(yù)測(cè)引物與引物之間與模板之間等的二級(jí)結(jié)構(gòu)。
2. Oligo 7.37
用于引物探針的設(shè)計(jì)，引物探針的驗(yàn)證，一般用來(lái)和PRIMER PREMIER配套設(shè)計(jì)PCR引物。從序列文件中搜索和選擇寡核苷酸的多功能程序，應(yīng)用于聚合酶鏈反應(yīng)(PCR),DNA測(cè)序，定點(diǎn)突變及各種各樣的雜交研究。根據(jù)最近鄰熱力學(xué)值計(jì)算寡核苷酸的雜交溫度和二級(jí)結(jié)構(gòu)。 這個(gè)好工具也用于構(gòu)建合成基因，在已合成的基因中發(fā)現(xiàn)適當(dāng)?shù)男蛄幸铮l(fā)現(xiàn)和多元化一致的引物和探針， 甚至發(fā)現(xiàn)蛋白質(zhì)潛在的限制位點(diǎn)。
3. primer premier
一款專業(yè)的引物設(shè)計(jì)軟件，具有PCR或測(cè)序引物以及雜交探針設(shè)計(jì)功能。可以簡(jiǎn)單地通過(guò)手動(dòng)拖動(dòng)鼠標(biāo)以擴(kuò)增出相應(yīng)片段所需的引物，而在手動(dòng)的任何時(shí)候，下面顯示各種參數(shù)的改變和可能的二聚體、異 二聚體、發(fā)夾結(jié)構(gòu)等。也可以給定條件，讓軟件自動(dòng)搜索引物，并將引物分析結(jié)果顯示出來(lái)。
4.FastPCRy
一款快速設(shè)計(jì)各種類型PCR引物的工具，包括一些常用的DNA與蛋白序列軟件工具。基于在標(biāo)準(zhǔn)和長(zhǎng)PCR、反向PCR引物的設(shè)計(jì)新方法，直接氨基酸序列的簡(jiǎn)并PCR、多重PCR和電子PCR；序列比對(duì)、聚類和任何重復(fù)序列搜索。
十三、其它類型軟件：
solQTL 是番茄基因組測(cè)序計(jì)劃的基因組信息資源門戶網(wǎng)站數(shù)據(jù)庫(kù) SGN (http://solgenomics.net) 的子模塊。
SeqBuster（分析人類胚胎干細(xì)胞小 RNA）
網(wǎng)站鏈接：http://estivill_lab.crg.es/seqbuster
允許對(duì)任何自定義數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行注釋。在一個(gè)獨(dú)立的平臺(tái)上 SeqBuster 綜合了多個(gè)分析模塊，構(gòu)成了第一個(gè)提供 miRNA 變異體（isomiRs）特性的重要生信工具，SequBuster 常用于貯存人胚胎干細(xì)胞小 RNA 的數(shù)據(jù)集。
Phamerator（用于比較噬菌體基因組）
通過(guò)成對(duì)比較將編碼蛋白的基因分配到相關(guān)序列的「Phamily 基因家族」中，以生成具有共同基因關(guān)系的數(shù)據(jù)庫(kù)。Phamerator 用于生成多種含核苷酸和氨基酸序列的噬菌體以及含有保守結(jié)構(gòu)域的基因的圓形基因組圖譜，便于分析通過(guò)水平上的基因交換的噬菌體種群的遷移，從而了解到單個(gè)基因的進(jìn)化史。
ARG-ANNOT [Antibiotic Resistance Gene-ANNOTation]（用于檢測(cè)細(xì)菌基因組的抗生素抗性（AR）基因)
在此之前，雖然已有數(shù)個(gè) AR 基因數(shù)據(jù)庫(kù)如，2005 年的 ARGO 數(shù)據(jù)庫(kù)、2007 年的 MvirDB 的微生物數(shù)據(jù)庫(kù)、2009 年的 ARDB 數(shù)據(jù)庫(kù)、2012 年的 Resfinder 數(shù)據(jù)庫(kù)，但是除了 ResFinder 之外的這些數(shù)據(jù)庫(kù)已再也沒更新過(guò)。ResFinder 只能查到已被人發(fā)現(xiàn)的 AR 基因，而且也不能檢測(cè)與 AR 有關(guān)的染色體靶基因的點(diǎn)突變。
于是，在 2014 年，Rolain 課題組創(chuàng)建了 ARG-ANNOT 數(shù)據(jù)庫(kù)，ARG-ANNOT 利用 Bio-EditH 軟件通過(guò) BLAST 程序來(lái)操作，允許用戶不需要在網(wǎng)絡(luò)界面上能分析已知和推定假設(shè)的 AR 基因的序列。具有抗生素抗性的決定簇來(lái)自于發(fā)表的文章和網(wǎng)絡(luò)資源，核苷酸和蛋白序列則從 NCBI GenBank 數(shù)據(jù)庫(kù)中提取。通過(guò)構(gòu)建了包含 1689 個(gè) AR 基因的數(shù)據(jù)庫(kù)后， 隨機(jī)抽取 100 條序列測(cè)試這個(gè) Bio-Edit 軟件，以證明 ARG-ANNOT 具有 100% 特異性和敏感性。
除此之外，做數(shù)據(jù)分析還需要會(huì)用Linux，會(huì)使用bash，還需要掌握一些常用的統(tǒng)計(jì)學(xué)知識(shí)，以及一門統(tǒng)計(jì)語(yǔ)言，比如R語(yǔ)言。此外，還需要會(huì)至少一門編程語(yǔ)言，一般來(lái)講C++,Perl,Python,Java這幾種中的一種。其他的知識(shí)則取決于研究領(lǐng)域。比如如果想要研發(fā)高性能的序列比對(duì)軟件，則算法和并行計(jì)算的知識(shí)必不可少。
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